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严格来说，基因突变是一个专业术语，基因变异俗称基因引起的变异。
如果一定要说区别的话，基因突变是从分子角度讨论的。dna基因结构变化的主体是分子中碱基对的替代、添加和缺失。基因变异是指基因突变引起的人类性状变异，主体是人类性状。
其中，遗传物质发生变化的称为遗传变异，遗传物质发生变化的称为遗传变异(如环境影响)。
遗传变异有三种类型：
基因重组
是在自然状态下，有核生物在进行有性生殖过程中，控制不同性状的基因的重新组合。与基因突变不同的是，基因重组并没有产生新的基因，只是原有基因的交叉互换或重新组合。特别是在第一次减数分裂的早期和后期。同源染色体非姐妹染色单体之间的交叉基因重组发生在减一初期。
染色体变异
包括在细胞分裂期间发生的染色体结构和数量变异。无论发生什么变异，都不会产生新的基因，但会导致基因数量和顺序的变化。相对于基因突变和基因重组而言，染色体变异在光学显微镜下是可以看到的，而基因突变和基因重组在光学显微镜下是不能观察到的。
基因突变
一般是在结构上发生了顺序的改变，还有可能是因为各种物理射线的影响，或者是某些化学物质，比如农药、生物碱、黄曲霉素等，都容易导致基因突变。基因突变一般发生在dna复制的时期，但是不是所有的基因突变都会对身体造成伤害，也有些基因突变可以产生对生命有益的性状，是一种生物进化。而染色体变异可能是因为数目发生改变导致的，也有可能是生活中接触了刺激性比较大的化学物质导致。还有可能与遗传因素有关，比如近亲结婚等。
基因突变是分子水平的变化，单个或多个碱基对的变化不会导致基因数量的变化。可以发生在个体发育的任何时期或任何细胞行中dna复制的概率比较高。
基因突变和基因变异有什么区别？
1、基因突变是指基因组dna分子发生突然可遗传的变异现象。从分子水平上看，基因突变是指基因在结构上发生碱基对组成或排列顺序改变。
2、基因虽然十分稳定，但是这种稳定性是相对的，在一定外界条件刺激下，基因也可以从原来的存在形式，突然改变成另一种新的存在形式。就是在一个位点上突然出现了一个新基因代替原有基因，这个基因就叫做突变基因。
