亲子鉴定目前一般检测的是20个基因座，同时有另外20个基因座作为特殊情况加测确认。当出现3个以内（包含3个）不符合遗传规律的被认为是基因突变产生的，此时一般是不能给出鉴定意见，需要把父子两人的遗传标记同时加测到40位点或是加测母亲的样本做父母子三联体亲子鉴定。
基因座又称座位。基因在染色体上所占的位置。在分子水平上，是有遗传效应的DNA序列。形象地说，一对染色体可想象为两条平行线，染色体上一个给定的位置，好比两平行线上的一点或一段，叫做基因座。
亲子鉴定支持存在亲子关系时，满足所有基因座位点符合遗传规律且累计亲权指数大于9999。即亲权概率大于99.99%。
亲权指数为2.056X10的5次方，是大于9999的，因此该次鉴定的结果应该是肯定的。同时可以根据亲权指数得到本次检测的亲权概率大于99.999%。根据亲权概率可能更容易理解两者间的存在亲子关系的支持率。
为什么有的亲子鉴定机构声称指数CPI能达到100万，99.9999的概率？
指数不一样，是因为各自的遗传基因不一样。累计父权指数是由所检测的每一一个基因位点的父权指数累计相乘得到。每一个基因座位点的父权指数是由该基因座在人群中的分布频率决定的，基因座在人群中分布的频率越小，该基因座的位点父权指数就越大，越容易区分个体差异。
大于9999是亲子鉴定行业作为标准的最低的数量级控制指标，由此推出亲权概率大于99.99%是亲子鉴定行业最低的控制标准。
因每一个家庭的遗传基因不一样。所有会出现21个基因座位点的检测，有点家庭会出现亲权概率大于99.99%，有点家庭会出现亲权概率大于99.9999%等不同的“9”数，这个不同的数量级表达孩子是父亲亲生的概率。
这些是这项技术固有的概率，常被一些鉴定中心描述为准确率达到多少个“9”的濠头，其实是模糊概念来吸引眼球。
