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建设工程纠纷案件中，常见的工程质量和工程造价司法鉴定收费，在《司法鉴定收费管理办法》均未作出规定。此类司法鉴定收费标准，依赖省级价格主管部门会同同级司法行政部门，根据当地实际情况确定价格管理相关规定。法院入选名册资格控制、司法局登记注册公告行政许可、物价局的行政价格管理，最终对司法鉴定收费的控制，造成个别司法鉴定收费逐年增高，个别司法鉴定人员地位超越法院审判权力。
一、工程司法鉴定中心收费标准参考
涉及财产案件的司法鉴定收费，根据诉讼标的和鉴定标的两者中的较小值，按照标的额比例分段累计收取。具体比例如下：
（一）不超过10万元的，按照本办法附件中所列收费标准执行；
（二）超过10万元至50万元的部分，按照1%收取；
（三）超过50万元至100万元的部分，按照0.8%收取；
（四）超过100万元至200万元的部分，按照0.6%收取；
（五）超过200万元至500万元的部分，按照0.4%收取；
（六）超过500万元至1000万元的部分，按照0.2%收取；
（七）超过1000万元的部分，按照0.1%收取。
二、司法鉴定机构收费管理原则
1、法医、物证、声像资料类司法鉴定收费实行政府指导价或政府定价管理。
2、司法鉴定执行收费标准基准价，参考《司法鉴定收费项目和收费标准基准价(试行)》。
3、在《司法鉴定收费项目和收费标准基准价(试行)》以外的鉴定项目收费，由省级价格主管部门会同同级司法行政部门根据当地实际情况确定价格管理形式和管理权限。国务院价格主管部门另有规定的，从其规定。
4、涉及财产案件的司法鉴定收费，根据诉讼标的和鉴定标的两者中的较小值，按照标的额比例分段累计收取。
5、协商收费原则，《司法鉴定收费管理办法》第九条：“司法鉴定机构接受委托提供司法鉴定服务，应当与委托人签订《司法鉴定协议书》，并载明收费项目、收费标准、收费方式、收费金额、结算方式、争议解决办法等条款。”
三、建设工程司法鉴定费用由谁承担
司法鉴定费按照“谁主张，谁负担”的原则，一般由申请鉴定方在提出申请时或者在人民法院指定的期限内预交。双方均要求鉴定的，双方各预付一半。
谁败诉、谁承担是诉讼费用承担的一般原则。是对败诉方消耗司法资源的一种制裁，是体现法律公平、公正的一个方面。在最后的判决或裁决中，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院或仲裁庭根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。应注意：
1、当事人一方申请鉴定，但未在限定期限内缴纳鉴定费，或接到通知后未参加鉴定程序或未对鉴定意见进行质证的，视为对鉴定请求的放弃，应承担举证不能的后果，人民法院有可能以当事人另一方所提供的证据作为确定工程款的依据。在一审中放弃鉴定请求的一方不得在二审中以此为由主张一审程序违法。
2、一审期间，当事人双方均申请鉴定，一方因未预交鉴定费，人民法院未支持其鉴定申请，而鉴定结论最终根据另一方的申请作出的。二审期间，一审时未预交鉴定费的一方仍然有权以一审时根据另一方申请作出的鉴定结论的依据明显不足为由申请重新鉴定。
由此可见，我国对司法鉴定机构收费虽然有相关标准，但是不同省市的标准还有所区别，具体到工程司法鉴定收费标准，目前并没有一个统一的规范。其收费标准一般是由省级行政部门根据当地实际情况给出的，但是一般来说工程司法鉴定涉及到金额比较大，鉴定过程复杂，其收费标准会相对高些。
