人类基因组计划正式开始于1990年。从1984年12月开始，美国能源部（DOE）、国立卫生研究院（NIH）和国际团体主办了会议，以审议绘制和测序人类基因组的可行性和有用性。美国能源部对研究人类基因组感兴趣，作为帮助检测核辐射可能引起的突变的一种方式。像NIH和英国威康信托基金会这样的团体长期以来一直对理解生物学感兴趣，以推动医学的发展。
1987年，美国能源部向国会提出了一项人类基因组计划。与此同时，NIH已经开始为基因组项目提供偶尔的资助。1988年，一份有影响力的国家研究委员会报告建议制定一个协调一致的计划来绘制和测序人类基因组。同年晚些时候，美国国会就这一想法举行了听证会，美国能源部和NIH联手开展了该项目。
1990年，美国能源部和美国国立卫生研究院公布了一项计划，计划为期15年的项目的前五年。该项目的目标包括：绘制人类基因组图谱，并最终确定其中所有32亿个字母的序列;绘制对生物学研究重要的其他生物的基因组图谱和测序;开发分析DNA的技术;以及研究基因组研究的伦理、法律和社会影响。
