2021年:韩斌研究组完成多年生禾本科芒属南荻基因组序列草图的绘制

2021年4月28日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌研究组与中科院植物所桑涛研究组长期合作,成功完成了多年生禾本科芒属南荻基因组序列草图的绘制,相关研究成果论文“Chromosome-scale assembly and analysis of biomass crop Miscanthus lutarioriparius genome”在线发表于国际学术期刊Nature Communications。
韩斌研究组利用纳米孔技术(Oxford Nanopore Technologies)和高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)对中国特有的多年生禾本科芒属物种——南荻基因组进行了测序组装和分析,构建了第一个染色体级别的高质量南荻基因组序列。
本研究还对南荻重要性状相关的基因家族,包括细胞壁生物合成、重金属离子转运、抗病和C4光合途径相关基因进行了鉴定分析。除了最近的全基因组复制外,串联复制在这些基因家族的规模扩大中也发挥了重要作用。转录组数据显示大部分重复基因在所有转录组样本或预期样本中表达水平极低。这些相关基因为解析南荻重要性状的遗传基础和开展分子辅助育种奠定了基础。也为更好的开展水稻等植物的环境适应性研究,以及探索植物多年生的遗传机制提供了参考。

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