发布DNA甲基化数据库MethBank第四版-北京基因组所(国家生物信息中心)

近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的更新版DNA甲基化数据库MethBank 4.0正式上线。该数据库成果以 “MethBank 4.0: an updated database of DNA methylation across a variety of species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表。

MethBank 4.0数据库应用标准化处理流程整合了来自1,449个样本的高质量全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)数据,涵盖23个物种的236个组织/细胞系,涉及疾病、发育等15个生物学场景。利用高质量数据和标准化元数据,MethBank 4.0提供了多物种多层次的注释信息,帮助用户更系统、全面、直观地了解DNA甲基化特征图谱。此外,建立结构化审编模型和受控词表,MethBank 4.0收录了2010年以来发表的基于DNA甲基化测序数据研究获得的生物学背景相关的特征甲基化基因(featured DMGs),涉及人和小鼠两个物种的77个组织/细胞系、128种疾病和11种生物学场景,为用户筛选潜在的表观遗传标记基因提供重要的知识信息。同时,MethBank 4.0还总结了已发布的501个甲基化分析工具,旨在帮助科研人员快速精准地选择合适的甲基化分析工具。另外,为了帮助用户开展数据分析,MethBank 4.0在原有提供差异甲基化启动子区域分析工具IDMP以及年龄预测在线分析工具Age Predictor基础上,增加了差异甲基化区域识别分析工具DMR Toolkit。

MethBank 4.0具备界面友好的浏览、检索、可视化等功能,提供DNA甲基化数据信息、知识信息和分析工具,为科研人员探索多种生物学场景下的DNA甲基化模式提供重要数据和信息资源。

北京基因组研究所(国家生物信息中心)博士研究生张陌尘、宗文婷,高级工程师邹东及硕士研究生王国梁为本文共同第一作者,李茹姣高级工程师、鲍一明研究员及章张研究员为共同通讯作者。该研究得到了中科院战略性先导科技专项、国家重点研发计划、中科院重点技术人才计划等项目资助。

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