基因型鉴定方法有哪些?

基因型鉴定方法有哪些?很多网友在网上发帖询问用于基因型鉴定的常规方法有哪些等问题。在选择做基因鉴定前,人们总要了解关于基因鉴定,这是情理之中,今天让我们来看看基因型鉴定方法有哪些。

基因型鉴定方法有哪些?
基因型鉴定方法有哪些?

基因型鉴定方法有哪些?

1.二代测序+IGV观察/callSNP软件分析

原理:设计多种标签序列(F向和R向)组合,使不同的组合对应不同的样本,根据测序输出的reads上的标签序列对测序结果中的样本进行区分,一次测序获得多个样本数据,且测序数据量不用太高,1-2G即可,最后根据测序结果与参考序列匹配情况和reads比例判断突变类型和纯合杂合情况;

优点:通量高,单个样本成本低,能够分辨单个位点存在的多种突变类型;

缺点:结果反馈速度慢,一般需要两周左右才能拿到结果,不适合小样本量的检测。

2.测序文件的一代测序+DSDEcodeM分析。

原理:软件根据测序的信号峰双峰嵌套位置和强弱判断突变类型;

优点:速度快,一代测序结果一般第二天能得到,软件分析迅速;

缺点:单个样本成本高,不适合大样本量检测,位点存在两种以上的突变类型时,测序峰杂乱,手动和软件均不能很好的区分。

3.KASP

原理:用不同的荧光标记不同的引物(两种引物末端有1个SNP变异),PCR延伸后发出不同的荧光,根据荧光值判断基因型;

优点:检测速度快(扩增时间短),通量高(qPCR仪一次可96板);

缺点:试剂成本高,仪器设备较贵,只适用于检测单位点SNP变异,不能清晰的知道序列变异情况,适用范围较窄。

4.dCAPs

原理:在已知序列变异的情况下,利用突变形成的酶切位点对突变位点的PCR扩增产物进行进行酶切检测,根据酶切结果判断突变情况。

优点:成本低(单个样本仅需0.1ul酶即可),通量大(可以同时对具有同类突变的大量样本进行检测),周期短(PCR扩增加酶切后电泳1天可完成);

缺点:需要已知突变位点的序列情况才可选择合适的内切酶,有的内切酶可能不常见。

5.SSR分析

原理:根据条带大小的不同分析基因型;

优点:检测速度快,通量高,能够检测最低1bp的长度差异(推荐3bp以上);

缺点:试剂成本较高(使用专业分析仪),只适合检测已知存在碱基缺失的突变位点。

导致基因突变的根本原因和直接原因
基因型鉴定方法有哪些?

基因型鉴定的原理

22对常染色体和1对性染色体(包括1条X染色体和1条Y染色体)是人类基因组的组成部分。人类基因组含31.6亿个dna碱基对,染色体由dna和核糖体蛋白组成。单核苷酸多态性是指单核苷酸的多态性,又称SNP,是一种具有相同碱基的单核苷酸,对人体的遗传特性有一定的影响。

目前,人体dna的大部分差异是SNP上的差异。这种差异约为人体dna碱基总量的0.5%。目前,基于SNP的研究报告中有很大一部分是基于SNP的。

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