除了非侵入式方法外，还可以采取两种类型的侵入式产前检查来鉴定亲子关系。这些是CVS（绒毛膜绒毛取样）和羊膜穿刺术。
CVS鉴定涉及通过胃或子宫颈将针头插入胎盘，以从称为绒毛膜绒毛的部分中提取少量细胞。这通常是在局部麻醉下完成的，并且总是由训练有素的医疗专业人员进行。CVS鉴定可以在怀孕11周后进行。
另一种方法羊膜腔穿刺术是类似的程序，但收集羊水而不是绒毛膜绒毛的样本。羊膜腔穿刺术可以在怀孕16周后进行。
这两种用于鉴定亲子关系的侵入性方法都有很小的流产风险，尽管并非微不足道。
1970年代的研究表明，CVS（绒毛膜绒毛取样）的风险约为1/100，羊膜腔穿刺术的风险为1/200。最近的一项分析估计，CVS（绒毛膜绒毛取样）流产的风险现在接近 1/500，羊膜腔穿刺术的流产风险接近 1/1000。
有些人可能会选择侵入性鉴定，因为与非侵入性鉴定相比成本更低。这些程序必须由训练有素的医疗专业人员执行，因此它们产生的医疗费用可能使它们与非侵入性鉴定一样昂贵，甚至可能更昂贵。
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