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母子亲子鉴定和父子亲子鉴定有什么区别？只要孩子是亲生的就没区别，母亲与儿子鉴定和父亲与女儿鉴定都是亲子关系，准确率99.99%以上。如果你想鉴定父亲和孩子的关系就做父子/女亲子鉴定，如果你知道母亲孩子的关系就是做母子/女亲子鉴定，都是准确的。
父系鉴定和母系鉴定
在鉴定过程中，分析亲子关系时，母子鉴定计算的母权指数，父子鉴定计算的是父权指数，尽管都是亲权指数。也会不一样。但是在确定亲子关系时，都得要求累计亲权指数大一等于10000。
如果母子两人的样本，我们不看提供样本的两个人的关系。只以样本为基础，一女性样本和一男性样本。
当假定女性为母亲，男性为儿子做母子亲子鉴定，同时计算出母权指数；
当假定男性为父亲，女性为女儿做父女亲子鉴定，同时计算出父权指数；
此时因两种分析亲子关系的方式样本没有变，其亲权指数也是相同的，也是就是前者分析方式的母权指数和后者分析方式的父权指数是一样的。
DNA亲子鉴定就是利用医学、生物学和遗传学的理论和技术，从子代和亲代的形态构造或生理机能方面的相似特点，分析遗传特征，判断父母与子女之间是否是亲生关系。从技术上来讲,父子或母子二人DNA亲子鉴定,也完全能达到要求。但父子或父女DNA亲子鉴定，有1、4%可能的基因突变,这种情况，如是父子鉴定，可增加母亲样本或加做Y基因检测，同样可以准确的结果。如是父女鉴定，则只有增加母亲的样本才可检测出来。
父/母子亲子鉴定流程
1、通过微信，电话等向个人亲子鉴定中心工作人员咨询鉴定事宜，如实说出自己需求，如不愿意公开自己的身份，可以选择匿名办理亲子鉴定。
2、样本采集。当事人可以在工作人员的指导下自己私下采集好样本寄送到鉴定机构实验室，也可以要求鉴定机构的工作人员上门帮忙采集样本或者自己到鉴定机构现场采样。
样本自己采集寄送的可选择血痕、带毛囊的头发、口腔拭子等。
3、缴费。实验室工作人员确定收到样本后，会通知当事人进行缴费，检测费可以通过微信，支付宝现在缴纳，可现场缴费。
4、DNA检测。缴费完成后实验室会立即进行DNA检测，一般在做个人（隐私）亲子鉴定的检测周期为5-7个工作日。
5、报告结果。鉴定结果出来之后，鉴定机构会按照与当事人约定好的方式通知当事人，如微信、电话、邮件等。鉴定报告当事人可以自行领取，也可以由鉴定机构邮寄给当事人。
