孙女和爷爷是可以做亲子鉴定的，但不能直接以孙女和爷爷的样本来做，因为孙女是女性，爷爷是男性，没法直接做Y系亲子鉴定，还需要同时做奶奶和母亲的样本才行。专业点说，这不是亲子鉴定，而应该叫做祖孙关系鉴定，亲缘关系鉴定。
祖孙关系鉴定是通过对人类遗传标记的检测，根据遗传规律分析，对有争议的祖父母与被检孩子之间是否存在生物学祖孙关系进行鉴定。依据参照亲缘个体的多少，祖孙关系鉴定至少包括以下几种情形：
- 生母、祖父、祖母同时参与下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定；
- 生母、祖父（或祖母）参与情形下被检孩子与祖父（或祖母）间的祖孙关系鉴定；
- 祖父、祖母同时参与情形下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定；
- 祖父（或祖母）与被检孩子间的祖孙关系鉴定。
祖孙关系鉴定特指：生母、祖父、祖母同时参与鉴定下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定，该对争议祖父母，要么双方都与孩子存在祖孙关系，要么都不是孩子的祖父或者祖母。
孙女和爷爷怎么做亲子鉴定？
1、鉴定预约：最好提前1-2个工作日咨询机构工作人员。亲子鉴定分为司法亲子鉴定和个人亲子鉴定。
2、采集检测样本：根据被鉴定人的实际情况，在正确的指导下私下采集样本，或向机构采集样本DNA检测样本；司法亲子鉴定不支持私人收集，必须由机构收集。
3、评估费支付：各地区的亲子评估费有收费标准，由物价局规定，支持多渠道支付。正规机构不会乱收费。
4、样品检测试验：鉴定机构工作人员将确认样品是否符合鉴定要求，并严格按照工艺步骤进行检测和比较。无论做什么样的亲子鉴定，都使用相同的工艺设备。
5、出具鉴定结果:一般3-7天即可出具鉴定结果，结果时间也与选择的样本有关。
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