1999年12月，HGP完成了人类染色体-22号染色体的第一个完整的全长序列。这一成就证明了HGP逐克隆测序方法在获得大量高度准确的序列方面的强大功能。在逐个克隆方法中，在物理地图上具有精确已知位置的人类DNA克隆，例如细菌人工染色体（BACs），是DNA测序反应的起点。研究人员选择首先完成22号染色体，因为它相对较小，并且已经构建了非常详细的22号染色体图谱。
22号染色体的序列使科学家首次看到了整个染色体的组织。测序工作集中在染色体的长臂上。每条染色体由两个“臂”组成，一个短臂（称为“p”表示“娇小”）和一个长臂（称为“q”）。在22号染色体的情况下，q臂恰好富含基因。来自长臂的序列长度为33，400，000个碱基对，并且包含至少545个基因。
